Inteiramente privatizadas, as linhas de metrô e trem no Japão são conhecidas pela pontualidade e segurança. Com quase trinta mil quilômetros de extensão, a malha ferroviária japonesa está entre as quinze maiores do mundo.

Atualmente, nesse meio de transporte destacam-se os chamados Shinkansen (em japonês, “trens-bala”). Inaugurado em outubro de 1964, o primeiro trem dessa categoria atingia 200 km/h e hoje é capaz de operar em velocidades de 320 km/h, realizando o percurso de Tóquio a Osaka (504 quilômetros) em menos de duas horas. A prioridade das companhias que possuem esse modelo de trem é a expansão da linha férrea e o desenvolvimento de tecnologias para aperfeiçoá-la. Um desses projetos é conhecido como Maglev. Nele, uma força magnética é usada para levitar o veículo que será impulsionado por motores lineares. Isso oferece um potencial para velocidades ainda maiores, visto que o atrito (entre o trem e o trilho) e suas vibrações são anuladas. Alguns testes da tecnologia se mostraram satisfatórios: o trem atingiu 500 km/h. A programação é que ele seja colocado em circulação até 2027, fazendo um trajeto de 286 quilômetros em apenas 40 minutos.